El yacimiento de El Fayum, corresponde al más antiguo neolítico egipcio del que tenemos constancia. Corresponde a la cultura Fayum A y se localiza al norte de la depresión que ocupaba un antiguo lago. Se hallaron restos de graneros comunales en el que se hallaron indicios de haber contenido trigo y cebada. Las viviendas eran cabañas de esteras o de cañas. Eran pues agricultores y posiblemente habían domesticado ovejas, cabras y bóvidos. Se ha postulado que sus asentamientos fueran de carácter estacional.

El yacimiento de Merimda Beni-Salamé, en el Bajo Egipto, situado en el vértice sur del borde occidental del Delta del Nilo, sería el primer ejemplo de asentamiento urbano permanente en Egipto de que tengamos noticia. Ha dado nombre a la llamada cultura "merimdense". Se han constatado en el 5 estratos arqueológicos, que se corresponden sucesivos periodos que abarcan unos 600 años entre el sexto al quinto milenios a. de C. En el primer estrato, la cerámica hallada muestra signos de influencias con Palestina y oriente medio, con diseño característico en “espina de pescado”. Se han encontrado tazas y vasijas rojas o negras, a veces con pies humanos en su base, y figuras de ganado en terracota. El segundo estrato muestra una inequívoca influencia del sur del país (arpones de hueso y hachas de piedra de inequívoca procedencia Nubia). La cerámica de los niveles superiores es cada vez mas tosca, de barro mezclado con paja con bordes cada vez mas elevados, pero sin asas ni decoraciones. Estas poblaciones, estaban constituidas inicialmente por núcleos de viviendas fabricadas con palos diseminadas en áreas extensas. Las viviendas eran ovales redondeadas parcialmente excavadas con pavimento de barro y cubiertas de esteras de juncos. En los estratos mas altos, vemos un aumento en la densidad de edificación de viviendas, algunas excavadas en el suelo y con restos de adobe,  algunas tan apiñadas que se creyó en un momento que formaban auténticas calles. Las casas eran de reducido tamaño algunas para albergar a un solo individuo, tenían un hogar donde se cocinaba, y casi en cada casa había una muela de piedra para moler el grano. Cada casa tenía un granero de mimbre o de arcilla semienterrado en el suelo. Se estima que su población pudo llegar a los 16000 habitantes. Se evidencia un cierto grado de comercio tipo trueque con los pueblos del delta central mediante la fabricación de instrumentos de piedra de silex muy abundante en la zona. Sus muertos eran sepultados a poca profundidad, sobre el costado y en posición fetal, fuera de los límites del poblado, aunque el posterior crecimiento de la población hacía que los asentamientos se superpusieran a las zonas de enterramientos quedando estos dentro del poblado. Los muertos eran enterrados prácticamente sin objetos mortuorios que evidencien diferencias sociales.

Superponiéndose al final del asentamiento de Merimda, hubo un grupo de asentamientos que se denominan El Omarí, al sudeste de El Cairo. Este asentamiento localizado era superponible culturalmente al merimdense tardío, con vasijas rojas o negras sin decoración, pero de cuellos mas altos. Por los hallazgos, debía existir una intensa industria del silex con el que probablemente comerciaban. Sus muertos eran enterrados sobre el costado izquierdo mirando al sur, como en el Alto Egipto.

También en el Bajo Egipto, pero de una época arqueológica más reciente, se han encontrado en la localidad de Maadi, 10 Km al noroeste de El Omari, y en el antiguo asentamiento de Buto, yacimientos que datan de inicios del cuarto milenio y que finalizaron en el periodo protodinástico con el advenimiento de la cultura del Nagada III. Esta cultura se ha venido a llamar Maadi-Buto. En estos asentamientos, las cabañas eran de planta ovalada con fuertes postes que sostenían muros de cañas y barro. También se han encontrado cuevas excavadas en el suelo, a las que se accedía por escalones, con indicios de haber sido habitadas y con vigas en el techo. Se han hallado grandes graneros comunales similares a los de El Fayum. Los materiales hallados en Maadi, muestran una cantidad de utensilios de cobre que progresivamente van arrinconando a los útiles de piedra, por lo que la podemos ya englobar en el Calcolítico (o en el Eneolítico). El cobre, que también era usado como tinte y para uso cosmético, se extraía de la península de Sinaí. Probablemente era importado y manufacturado en Maadi. Ello indica que Maadi fue un importante punto de encuentro y de relaciones comerciales entre el Bajo Egipto y Oriente Próximo. También hay indicios de comercio con el Alto Egipto, como lo indica la presencia paletas de esquisto y de cerámica roja característica de las culturas del sur. Los enterramientos son similares a los de Merimda, con escaso ajuar excepto una estera que cubre a los cuerpos y en ocasiones algunas conchas de moluscos. La mayoría de los asentamientos del Bajo Egipto han desaparecido bajo los sedimentos del Nilo, por lo que existe un gran desconocimiento de este periodo. En toda la zona central del delta no se han encontrado yacimientos de este periodo, y es una zona que posteriormente fue muy habitada, lo que hace suponer que también lo estaba en la antigüedad. Es posible suponer que existiera una civilización floreciente similar o muy influenciada por las avanzadas culturas de oriente próximo con las que establecería un rico comercio, y que haría de enlace entre esas civilizaciones y los pobladores de Alto Egipto. Parece demostrado que los habitantes del Bajo Egipto eran de una raza diferente a los del Alto Egipto, tenían una mayor talla y mayor capacidad craneal, estaban mas emparentado con la población indoeuropea y mediterránea que colonizó oriente medio que con lo población de origen africano. Sin embargo toda la tradición política y cultural que dio lugar a la cultura Egipcia, la encontramos en el sur no en el norte.

Alto Egipto

Paralelamente en el Alto Egipto, durante el periodo que correspondería al 4400 a. de C. , es decir a finales de la cultura merimdense, encontramos focos de asentamientos en  la orilla la derecha del Nilo, en las inmediaciones de Assiut. Allí se encuentra el cementerio arcaico de El Badari cuyo nombre tomó la cultura neolítica del Alto Egipto, que se ha venido a llamar Badariense. El área contiene también los yacimientos de, Deir Tasa y El-Mostagedda, en cuya área se han encontrado hallazgos y utensilios que correspondería a un tipo de Badariense antiguo que se ha venido a llamar Tasiense. Otros yacimientos son El-Matmar, El-Hammamiya, y El-Qaw. Aunque parece que la cultura Badariense se localizó solo en esta área, se han encontrado restos también en Armant y en Hierakómpolis. A pesar de haber realizado numerosas excavaciones, no se han encontrado vestigios de asentamientos permanentes. Muy probablemente los habitantes de ese lugar vivieron de forma semisedentaria. Las tumbas Badarienses tenían una forma oval o rectangular poco profunda y de dimensiones suficiente grandes para uno o mas cuerpos, muy flexionados  yaciendo sobre su costado izquierdo mirando al sur. Se cubrían con esteras o pieles y con alimentos y ajuar funerario que constaba de joyas, collares y amuletos hechos de cerámica, paletas de piedra para triturar malaquita, que usaban como adorno protector alrededor de los ojos, vasos y cucharas de marfil o de piedra. Se han encontrado restos de trigo, cebada y pan. Usaban prendas de vestir de lino y de pieles. Los instrumentos de piedra son toscos, pero la cerámica es muy sofisticada, y que llega a ser muy delgada y de una gran calidad. Se hacía al fuego y era roja, marrón, o negra. La mas característica era de color rojo con el borde y el interior negros. Hay indicios de comercio por la presencia de algún utensilio de cobre, aunque hay autores que piensan que por el uso que se hacía de la malaquita como cosmético, es posible que conocieran como fundirlo y pudiera elaborar utensilios con mineral autóctono.

Egipto en esa época estaba dividida en dos zonas diferenciadas. En el delta, una zona fértil y rica que permitió el asentamiento humano, con una incipiente cultura que pronto se irá desarrollando, gracias a que la zona estará en contacto con otras culturas, siendo la encrucijada entre Asia y África.

Mientras tanto el sur, árido, a lo largo de dos cadenas montañosas, protegía a una población de cazadores que se había vuelto semisedentaria y que, en espíritu y costumbres, estaban emparentados con cazadores de épocas arcaicas.

Así estaba la situación cuando aparece la llamada Cultura Nagada, que se considera la más importante de las culturas prehistóricas en el sur, y es la que finalmente colonizará todo Egipto. Con ella se da inicio al llamado Periodo Predinástico. Se subdivide en tres fases: Nagada I o Armatiense, por la localidad de El Amra, se extiende de forma paralela a la de Badari y de forma progresiva la sustituye. Su foco geográfico situado en el meandro que el río hace a la altura de la actual ciudad de Qena, en principio se fue expandiendo hacia el norte hasta la actual Assiut, y hacia el sur, hasta más allá de la primera catarata. Son característicos útiles cerámicos rojos pulidos, con o sin boca negra, con decoración lineal de color crema, esculturas femeninas, paletas de pizarra de formas romboidales, vasijas con representaciones de barcos, y las figuras de hombres barbados usados como amuletos, bastones de marfil de significado mágico, y cabezas de maza.

Nagada II o Gerzense, por la localidad de Gerza al sur del El Cairo, representa un salto cultural en la evolución cultural del antiguo Egipto, en ella la cerámica de bordes negros va desapareciendo, y empieza a ser cada vez mas abundante la cerámica hecha de paja y barro al igual que en periodos culturales anteriores, pero con un acabado de alta calidad llamado “cerámica de marga”. Con esta técnica aparecen vasijas pintadas de rojo oscuro o marrón sobre crema y con frecuencia con asas perforadas. Se observa un intento de imitar los cuencos de piedra. Es frecuente la decoración con aves y animales, y los barcos de remos. Aparecen también paletas con formas de animales usadas para mezclar cosméticos, y otras en forma de escudo con aves representadas. Cuchillos ceremoniales de sílex y ornamentos corporales de todo tipo son cada vez mas abundantes y sofisticados lo que implica una especialización artesanal, base de un intenso comercio tanto hacia el norte y Palestina como hacia el sur y Nubia como lo evidencian los yacimientos encontrados. El cobre, la plata y el oro se emplean ya con frecuencia, por lo que ya no se puede hablar de neolítico sino de Calcolítico, y la influencia de los países de oriente próximo es tan evidente que Petrie la creyó producto de una auténtica invasión extranjera, hecho que se ha descartado con posterioridad. Se evidencia una explotación agrícola cada vez mas rica en las zonas inundables del Nilo, aunque aún no exista una sistemática creación de diques y acequias de regadío, se sentaron las bases de su creación y los Egipcios aprendieron durante este periodo a controlar al Nilo, base de su sustento.

Coincidiendo con este periodo aparecen las incipientes ciudades, de una de ellas, Hierakómpolis , donde se daba culto a Horus, esta considerada como el lugar de origen de la cultura faraónica y las raíces de la monarquía egipcia. En ese lugar se ha constatado la existencia de una élite social que se evidencia en la suntuosidad, cantidad de ofrendas y tamaño de sus tumbas y en la aparición de pequeños cementerios elitistas. Últimamente se han descubierto en esa zona restos de palacios y templos, que son claros antecesores de los que encontramos en el periodo protodinástico y que recuerdan a las primeras instalaciones dinásticas para la celebración de los festivales Sed.

Por el estudio de sus necrópolis, se puede afirmar que ya la cultura Nagada II alcanzó el bajo Egipto poniendo fin a la cultura Maadi-Buto, sentando las bases de una unificación que primero fue cultural y luego política.